Музей лесных экосистем Института леса им. В.Н. Сукачева СО РАН был организован в 2007 г. по инициативе его директора доктора биологических наук А.А. Онучина на базе коллекций пяти подразделений Института: лабораторий лесной зоологии, лесной фитоценологии и лесных культур, а также отделов биотехнологии и дендроэкологии. В настоящее время музей объединяет зоологическую и энтомологическую коллекции, насчитывающие 26 3000 экземпляров, гербарий в количестве 5 000 листов, коллекцию лесных микроорганизмов, насчитывающую 108 изолятов 51 вида дереворазрушающих грибов и 214 культур 22 видов офиостомовых грибов, экологическую коллекцию древесины растений Северной Азии с образцами рецентной древесины, принадлежащей 340 видам растений из 139 родов и 56 семейств, а также дендрарий, содержащий 264 вида древесных растений-представителей  75 родов и 28 семейств.
Формирование коллекций, вошедших в музей, началось в 1959 г., с момента переезда Института из Москвы в Красноярск. В основном зоологические и ботанические образцы были собраны учеными Института в азиатской части России и в Монголии. Определение образцов было проведено учеными Института с широким привлечением ведущих советских и российских специалистов-систематиков. Дендрарий при Институте был заложен в 1977 г. под руководством тогда заместителя директора Института, доктора биологических наук И.Ю. Коропачинского. В настоящее время музей продолжает формирование коллекций под руководством его куратора - заведующего лабораторией лесной зоологии кандидата биологических наук Ю.И. Баранчикова. Существующие коллекционные фонды музея ориентированы на специалистов и предназначены для научно-исследовательской работы. Экскурсии для публики проводятся в основном в дендрарии и в зоологическом отделении музея.
Одним из важнейших разделов фондовых коллекций музея является коллекция грибов, бактерий и актиномицетов, сформированная усилиями сотрудников лаборатории лесной микробиологии Института в течение ряда лет, начиная с 1970 г. Микробиологи института (теперь в составе отдела физико-биохимической биологии и биотехнологии древесных растений)  ведут научные исследования инфекционных заболеваний хвойных и разработки способов биологической борьбы с ними, изучением физиологических основ инфекционного иммунитета хвойных растений, микробиологических факторов лесорастительной способности почв и продуктивности древостоев. В результате многолетних работ создана коллекция культур микроорганизмов (активные биостерилизаторы, фитопатогенные бактерии и грибы, микроорганизмы лесных почв и ризосферы древесных пород), которая сохраняется и «ведется» в виде рабочих и музейных культур. Целесообразность сохранения этих культур обусловлена тем, что они необходимы для получения биопрепаратов, используемых в защите леса от бактериальных и грибных инфекций, для выделения индикаторных видов и биоредуцентов при техногенных загрязнениях, для проведения дальнейших научно-исследовательских работ. Систематизация образцов в рабочих коллекциях осуществляется с указанием параметров: вид гриба (культур актиномицетов), шифр изолята в коллекции, место сбора и субстрат выделения, сведения о возможности передачи в другие коллекции и организации, дата последнего пересева.
Энтомологическая коллекция Института существует с 1960 г. В ней представлены сборы из различных районов Сибири и Дальнего Востока: из Приамурья, Якутии, Бурятии, Красноярского края, Хакассии и Тувы. Хорошо представлена лесная фауна Монголии. Большой личный вклад в формирование и поддержание коллекции внес ее бывший куратор – доктор биологических наук В.М. Яновский. Все экземпляры коллекции наколоты на булавки и систематизированы (снабжены двумя этикетками: с указанием времени и места сбора и с указанием вида). Проверка определения большинства видов была выполнена отечественными и зарубежными специалистами в области таксономии того или иного семейства.
Фонды гербариев хранят сборы и коллекции растений многих выдающихся ученых и рядовых сотрудников, когда-либо работавших в Институте как московского, так и красноярского периодов. В гербарии представлены сборы из различных горных и равнинных регионов Сибири, Дальнего Востока, Приамурья, Якутии, бассейна озера Байкал, Хакассии, Тувы, Бурятии, Красноярского края. Направления формирования гербария исторически определялось проведением маршрутных экспедиционных и стационарных исследований лесных экосистем коренного, производного и антропогенного генезиса. В связи с этим некоторые коллекции гербария имеют специализированную направленность идентификации видового и ценотического разнообразия, например в полезащитных полосах Сибири. На основе коллекции опубликовны каталоги коллекторских этикеток и списки растений по родам и семействам. В каталоги вошли мхи и лишайники, а также сосудистые растения, находящиеся в гербарии.
Экологическая коллекция дpевесины растений создана на базе отдела дендроэкологии Института леса СО РАН для эффективного pешения научных и пpикладных задач. В пpактическом аспекте — создана база для оценки эксплуатационных хаpактеpистик дpевесины pазных поpод, оценки запасов дpевесного сыpья и его наиболее полного использования. С дpугой стоpоны коллекция - это инфоpмационный источник для пpогноза и pеконстpукции локального и pегионального изменения палеоклимата с использованием дpевесины в качестве индикатоpа этих изменений; для pешения проблем эволюции и филогении дpевесных pастений, адаптации растений к меняющимся условиям произрастания. Дендрохронологический материал представляет циркумполярное кольцо Азии, Енисейский меридиан, Алтай, Туву, Монголию, Южную Корею и Китай. Образцы древесины представлены в виде дисков и кернов с подробным описанием экологических условий произрастания (координаты места, характеристики климата, почвы, микрогеографических условий роста). Информация об особенностях структуры древесины каждого вида заключена в микроанатомических препаратах с подробным анатомическим описанием.
Дендрарий расположен в Академгородке Красноярского научного центра в г. Красноярске, на высокой террасе левого берега р. Енисей. Площадь собственно дендрария – 5,2 га, интродукционный питомник занимает 6,5 га, холодные рассадники – 0,15 га. Начало создания коллекции древесных декоративных растений из различных ботанико-географических областей – 1977 год. На базе коллекции, насчитывающей свыше 300 видов, разновидностей и форм исследуется процесс акклиматизации древесных растений, их рост и развитие в новых условиях, ведется отбор перспективных видов для южной части Средней Сибири. Эксперименты по интродукции позволили значительно расширить состав древесных растений для озеленения населенных пунктов юга Средней Сибири и в аналогичных экологических условиях Западной и Восточной Сибири. Наиболее устойчивые и зимостойкие растения используются при озеленении г. Красноярска и красноярского Академгородка, для создания новых дендрологических парков, а также передаются в питомники древесно-декоративных культур для массового размножения. На основе экземпляров дендрария подготовлена публикация каталогов-списков состава дендрологической коллекции с целью использования в научно-исследовательской работе.
Фонды музея широко используются в исследованиях сотрудников Института при написании монографий и научных и научно-популярных статей. Многочисленные работы, выполненные на базе коллекций музея, ежегодно представляются на разнообразных конференциях в России и за рубежом.